L'idea di costruire una chiesa parrocchiale nella zona dell'Oltrestazione nacque nel 1890. Tra le varie localizzazioni possibili, alla fine la scelta cadde sul quartiere Mazzafame (il nome deriva dalla fertilità del terreno, che "ammazzava la fame" nei periodi di carestia). All'epoca questo rione, ad esclusione della zona lungo la via Novara, non era molto abitato, anche se era in costante espansione. Nel gennaio 1904 un comitato di cittadini acquista dunque dal signor Ferrario un terreno di 3 267 mq sulla via Novara per la costruzione del nuovo tempio e pone una enorme croce di legno. La posa della prima pietra avvenne il 4 settembre 1904; la costruzione della chiesa in stile neo-romanico, a spese della popolazione locale, fu affidata all'architetto sacerdote Enrico Locatelli e terminò nel 1910. Fu consacrata dal Cardinal Ferrari il 19 settembre 1910 ed eretta in parrocchia su decreto dello stesso Arcivescovo il 24 maggio 1911.
A cavallo del XIX e del XX secolo, a Legnano, si ridestò l'interesse per i fatti collegati alla battaglia di Legnano. Alla fine, questa passione sfociò nell'inaugurazione, nel 1900, del monumento al Guerriero di Legnano. Come ulteriore tributo a questi fatti militari, venne deciso di intitolare la nuova chiesa ai cosiddetti "Santi Martiri", cioè Sisinnio, Martirio e Alessandro, le cui reliquie erano custodite nella basilica di San Simpliciano di Milano. In questa basilica meneghina erano anche custoditi i resti dell'arcivescovo di Milano Ariberto da Intimiano, che diede ai comuni della Lega Lombarda una croce esortandoli alla lotta contro Federico Barbarossa.
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